Un parcours de 23 km, sans grande dénivellation (gare de Gilley à 870 m; gare de Pontarlier à 837 m), généralement à l'écart du trafic routier, à l'exception des croisements avec les routes et de l'entrée dans la ville de Pontarlier. 
    
La plateforme de l'ancienne ligne du chemin de fer a été entièrement goudronnée. Les ponts qui permettaient "d'enjamber" les routes ont disparu. 

Tout au long du parcours, vous trouverez des aires d'accueil et d'information. Elles vous orienteront sur des boucles locales qui vous permettront de découvrir le patrimoine et les richesses de la région telles que les grandes sapinières du plateau du Larmont, le défilé d'Entre-Roches ou l'Abbaye de Montbenoit et bien sûr les vestiges de l'ancienne ligne ferroviaire  (gares, maisons de garde-barrières, ponts, tunnel, etc).

Le tracé traverse ou passe à proximité des villages suivants :
Gilley, La Longeville, Montbenoit, Maison-du-Bois-Lièvremont,  Arçon, Doubs et  Pontarlier.

Un peu d'histoire

 
L'origine de la ligne Pontarlier - Gilley remonte à l'époque de la lutte de tracé entre les villes franc-comtoises pour obtenir le passage de la ligne internationale de Paris à la Suisse.

Dôle l'emporta sur Besançon mais pour "dédommager" la capitale comtoise, le plan Freycinet inscrivit à son programme la ligne du Saugeais, inaugurée en 1888. 

Longue de 23 kilomètres, elle longe le cours du Doubs sur la majeure partie de son tracé. 
Cette voie unique se détache de la ligne Besançon - Morteau - Le Locle dans le village Gilley où, après une large courbe sur la droite, elle rejoint le cours du Doubs et dessert plusieurs gares (La Longeville, Montbenoit, Maison-du-Bois-Lièvremont, Arçon, Doubs, Pontarlier Saint-Pierre)

Son tracé devait permettre d'aller sans rebroussement de Besançon à la Suisse via Pontarlier et Les Verrières. Malheureusement, aucun train ne fit jamais le parcours en entier !

La ligne était essentiellement utilisée pour le transport du bois et de liquides. 

Le trafic voyageurs est supprimé le 18 avril 1939. Pendant les premières années de la guerre, un semblant de trafic voyageurs est rétabli puis il fut définitivement abandonné. La destruction par la Résistance d'un petit pont peu avant Gilley bloqua toute la ligne de juillet 1944 à fin 1945. 

Après le retour de la paix, la ligne du Saugeais ne voit plus passer qu'un modeste trafic de marchandises de bois jusqu'à son extinction en 1989. 

Aujourd'hui, la plateforme de l'ancienne ligne du chemin de fer a été goudronnée et est utilisée pour d'autres engins roulants : vélos et rollers, poussettes, fauteuils roulants, etc.